Migrena należy do pierwotnych bólów głowy. Występuje u 5–10% dzieci. Etiologia migrenowych bólów głowy pozostaje nieznana. Patogeneza również w dużej mierze pozostaje niejasna. Prawdopodobnie migrenowy ból głowy wynika z nieprawidłowych reakcji układu nerwowo-naczyniowego na bodźce wewnętrzne i zewnętrzne. W patogenezie migreny bierze się również pod uwagę genetycznie uwarunkowane zaburzenia kanałów jonowych oraz zaburzenia neurotransmisji, głównie serotoninowej.