Obrona organizmu przed mikroorganizmami jest najważniejszą funkcją układu odpornościowego. Na drodze ewolucji nasz układ immunologiczny wykształcił mechanizmy, które zwykle pozwalają na skuteczną eliminację wirusów, bakterii, grzybów i pasożytów z naszego organizmu. Nieswoiste mechanizmy odpornościowe (wrodzone, niespecyficzne) uruchamiane są stosunkowo szybko i działają jako tzw. pierwsza linia obrony. Mechanizmy swoiste (nabyte, specyficzne) uruchamiane są nieco później, za to są bardziej precyzyjne od nieswoistych.